Couper la courgette et les aubergines en morceaux de taille moyenne.
Épépiner les tomates et les couper en morceaux. Ciseler finement les oignons.
Dans une sauteuse, faire revenir 1 oignon dans 1 Cuillère à soupe d'huile d'olive. Ajouter les courgettes, les aubergines et un peu de basilic ciselé.
Couvrir et laisser cuire sur feu doux en mélangeant régulièrement, jusqu'à ce que toute l'eau se soit évaporée.
Dans une cocotte, faire revenir l'autre oignon dans 1 Cuillère à soupe d'huile d'olive, puis ajouter les tomates et 1 pincée de sucre.
Parsemer de basilic et laisser cuire sur feu moyen jusqu'à ce que les tomates aient rendues tout leur jus.
Une fois que tous les légumes sont cuits, les mélanger ensemble et remettre sur le feu pendant quelques minutes. Ajouter le chèvre frais, bien mélanger et laisser cuire encore 2 minutes.
Verser les légumes dans un plat allant au four et réserver.
Préchauffer le four à 200°C.
Préparer la pâte à crumble, en mélangeant du bout des doigts, la farine, le beurre, le parmesan râpé et les amandes concassées.
Parsemer les légumes du crumble, puis enfourner à 200°C pendant 25 à 30 minutes.