Eplucher et couper le panais en morceaux. Eplucher l'échalote et la couper en deux.
Faire cuire les lentilles dans un grand volume d'eau, avec le panais, le thym, l'échalote, sel et poivre. Laisser cuire à feu vif pendant 35 minutes.
Placer la saucisse de Morteau dans une casserole remplie d'eau. Faire chauffer l'ensemble et laisser cuire pendant 30 minutes. Ne pas piquer la saucisse de Morteau.
Lorsque l'ensemble est cuit, égoutter les lentilles - panais, les répartir dans 4 bols, égoutter la saucisse, la couper en tranches et servir de suite.