Faire le caramel : Mettre le sucre et le citron dans une casserole à fond épais et faire chauffer doucement en inclinant la casserole lorsque le sucre commence à fondre afin d'homogénéiser la cuisson. Lorsque le sucre est tout fondu et a pris une teinte brune, hors du feu, ajouter petit à petit l'eau bouillante en prenant garde aux projections et en remuant avec une spatule. Réserver. Rincer le quinoa sous l'eau froide. Le mettre dans une grande casserole avec le lait, le sucre, les zestes de citron et la gousse de vanille fendue en deux et grattée.
Faire chauffer sur feu doux le mélange en remuant de temps en temps, pendant 30 à 40 minutes environ. Le quinoa doit être translucide et tendre. Tout le lait ne sera pas absorbé, c'est normal, le quinoa finira de gonfler en refroidissant. Laisser refroidir à température ambiante.
Verser le caramel au fond des ramequins (2 à 3 càs par ramequin), puis verser le quinoa dessus. A déguster tiède ou froid.