Épluchez les oignons et coupez les en quatre. Effeuillez-les et placez-les dans un plat huilé allant au four. Salez et poivrez, ajouter le thym, les gousses d'ail écrasées et mouillez avec le vin blanc.
Couvrez d'une feuille d'aluminium bien serrée sur le plat et enfournez 45 minutes. Retirez l'aluminium et remettre au four 15 minutes.
Lorsque le gratin est bien doré, ajoutez la crème fraîche et les deux fromages en les répartissant sur les oignons. Baissez le four à 180° et laissez cuire 15 minutes supplémentaires.