Peler et couper la courge en dés. Les faire cuire à la vapeur pendant 15 à 20 minutes. Égoutter pour éliminer le surplus d'eau. Les écraser à la fourchette pour en obtenir une purée.
Préchauffer le four à 160 °C.
Mélanger dans un saladier les œufs entiers avec le sucre, puis le lait, la farine avec la levure, la poudre d'amande,la fève tonka et le sucre vanillé. Mélanger le tout à l'aide d'un fouet.
Ajouter la purée de butternut, mélanger et verser le tout dans un plat à gratin.
Peler et couper la pomme en fines lamelles, en parsemer le dessus du flan, saupoudrer de 2 Cuillères à Soupe de sucre.