A l'aide d'un pinceau, beurrer l'intérieur du moule (le fond, les parois de bas en haut, les bords) avec du beurre très ramolli. Beurrer une seconde fois les parois de bas en haut. Saupoudrer de farine, retourner le moule pour enlever l'excédent et réserver au réfrigérateur (ne pas laisser de traces de doigts à l'intérieur).
Eplucher et éliminer les graines et les filaments du potiron. Faire cuire le potiron coupé en gros cubes dans de l'eau bouillante salée pendant 30 minutes environ. Vérifier la cuisson à l'aide de la pointe d'un couteau. Une fois cuit, l'égoutter, et le passer au mixeur.
Pour la béchamel, faire fondre le beurre dans une grande casserole, puis ajouter la farine, mélanger et faire cuire pendant 2 minutes. Ajouter le lait petit à petit, remuer vigoureusement avec le fouet et laisser cuire tout en remuant quelques minutes jusqu'à ce que le mélange épaississe. Retirer la casserole du feu.
Ajouter tout de suite les jaunes d’œufs un à un en mélangeant bien. Ajouter la purée de potiron, puis le fromage émietté. Saler et poivrer et mélanger le tout. L'appareil ne doit pas trop être liquide. Laisser refroidir la préparation à température ambiante.
Avec une pincée de sel, monter les blancs d’œufs en neige lentement et fermement, afin de pouvoir les incorporer facilement à la préparation. Avec une spatule, incorporer une petite partie des blancs d’œufs dans le mélange afin de détendre l'ensemble si besoin, puis incorporer le reste des bancs délicatement en soulevant la pâte de bas en haut pour ne pas les casser.
Remplir les moules à 1 cm en dessous du bord et sans bavure. Enfourner les soufflés en bas du four et baisser la chaleur à 190°C. Faire cuire environ 15 minutes pour des moules individuels et 25 minutes pour un grand moule. Le centre du soufflé doit être crémeux. Attention, ne jamais ouvrir la porte du four pendant la cuisson. Servir aussitôt.