Après avoir lavé vos légumes, coupez la courgette ronde en rondelles d'environ 2 mm d'épaisseur. Disposez-les sur la grille du four, saupoudrez de thym et passez 8 minutes au grill à 250°C.
Pendant ce temps, battez les œufs avec une cuillère à café d'eau. Salez, poivrez, et incorporez la ciboulette ciselée. Mettez un filet d'huile d'olive dans une poêle et faites chauffer à feu moyen. Versez l'omelette.
Lorsque la face est cuite, retournez l'omelette (à l'aide d'une assiette posée sur la poêle) et faites cuire l'autre côté. Lorsque l'omelette est cuite, posez-la sur à plat sur une grande planche à découper.
Coupez la tomate en rondelles d'épaisseur légèrement plus fine que celle de la courgette. Sortez les courgettes du four.
Avec un emporte-pièce, prélevez des ronds d'omelettes. Vous pouvez affiner la décoration en faisant de même avec les tomates, de sorte à obtenir un mille-feuille plus régulier.
Faites le montage du mille-feuille : une rondelle de tomates, une rondelle d'omelette, deux rondelles de courgettes et encore deux fois de cette façon. Torréfiez les pignons de pin 2 minutes dans la poêle de cuisson de l'omelette.
Émiettez un demi crottin de Chavignol sur chaque mille-feuille et parsemez de pignons de pin. Mélangez le vinaigre, l'huile d'olive et le miel dans un bol et versez cette vinaigrette sur les deux mille-feuilles.