Casser les œufs en séparant les blancs des jaunes. Dans un saladier, mélanger la farine et la levure avec les jaunes d’œufs à l'aide d'une cuillère en bois.
Fouetter légèrement les blancs d’œufs avec une fourchette, sans les monter, puis les incorporer à l'ensemble. Verser l'huile et mélanger vivement à l'aide d'un fouet. Ajouter le gruyère puis mélanger. Saler et poivrer.
Ajouter les tomates coupées en dés et le thym. Mélanger.
Verser 1 cuillerée à soupe de pâte dans chaque alvéole du moule à madeleines préalablement beurré et fariné si nécessaire.
Mettre les madeleines au milieu du four à 250 °C pendant 4 minutes, puis baisser la température à 210 °C et laisser cuire pendant encore 6 minutes. Faire de même avec la seconde fournée.